“信号塔大战”后，熊大、熊二和光头强的缩小器再度遗失。三人组合继续留守不夜城，找寻缩小器的回家之路更是状况频出，但他们从未放弃希望，最终与小动物们合力拯救小镇，呈现了一场精彩惊险的微观世界冒险之旅。

熊大、熊二、光头强意外地和来自未来世界的小亮一起穿越到100年后：世界发生巨大灾变，孢子植物全面侵占，人类在末日中艰难求生，整个地球危在旦夕！而这一切的罪魁祸首竟是......光头强？！

宁静祥和的东北原始森林，空气清新，万物复苏。熊大和雄二两兄弟在林间追逐奔跑，快乐非常。正在此时，发动机的轰鸣打破了森林的宁静，来着是一个形容猥琐，秃顶干瘦的男子，他叫光头强，是一名伐木工，此番正是受李